Der Verband der Unabhängigen war ein Konglomerat unterschiedlichster Interessengruppen: Neben vielen ehemaligen Nationalsozialisten, die in den ersten Nachkriegsjahren kein Wahlrecht besaßen, waren darin auch ehemalige Großdeutsche vertreten, Ex-Landbündler und die jüngere Kriegsgeneration, die einen dritten Weg, eine Alternative zu den etablierten Großparteien SPÖ und ÖVP, anstrebte. Fortdauernde Richtungsstreitigkeiten und Abspaltungen blieben nicht aus, bis schließlich das Experiment einer unabhängigen Bewegung, einer Nicht-Partei, scheiterte.

Die FPÖ hatte lange Jahre ca. etwa 6 Prozent der Stimmen, weniger als ihre Vorgängerin VdU, und tendierte in der Bundespolitik mehr zur SPÖ. 1970 unterstützte die FPÖ vorübergehend eine SPÖ-Minderheitsregierung, bis es zur Neuwahl des Nationalrats 1971 kam. Als Gegenleistung forcierte die SPÖ ein neues Wahlsystem, das kleinere Parteien weniger stark benachteiligte.

Auf dem Parteitag 1980 setzte sich in einer Kampfabstimmung der liberale Flügel durch, der nach den Nationalratswahlen 1983 die FPÖ unter Norbert Steger erstmals zur Regierungsbeteiligung führte. Steger bemühte sich um ein liberaleres Image der Partei, wollte neue Wählerschichten gewinnen und vom Â»Altnazi-Mief« wegkommen.

1986 übernahm Jörg Haider nach einer Kampfabstimmung auf dem Parteitag in Innsbruck die Führung der FPÖ. Die Regierung Vranitzky beendete daraufhin die Koalition mit der FPÖ.

Hatte die FPÖ bis dahin ihre Hochburgen eher in dem akademischen Milieu, wandte man sich durch das Bedienen gängiger Klischees an neue Klientels. Ihre Hochburgen in Wien wurden vor allem traditionell sozialistische Arbeiterbezirke wie Simmering und Favoriten. Die Mittel und Parolen, die Haider zu seinem Erfolg verhalfen, waren innerhalb und außerhalb Österreichs harter Kritik ausgesetzt. Seine Vorliebe für das Instrument des Volksbegehrens und einige Aussagen über das NS-Regime trugen ihm das Image eines Rechtspopulisten und Demagogen ein.

Die FPÖ erlebte in der Folge als Oppositionspartei mit populistischer Prägung einen enormen Aufschwung und wurde bei den Nationalratswahlen 1999 mit 26,9 Prozent zweitstärkste Partei. 2000 übernahm eine Koalition aus ÖVP und FPÖ unter der Führung von Bundeskanzler Wolfgang Schüssel (ÖVP) die Regierung. Mit Susanne Riess-Passer stellte die FPÖ den Vizekanzler.

Die Regierungsbeteiligung der FPÖ rief heftige Kritik hervor, die innenpolitisch in den Donnerstagsdemonstrationen , außenpolitisch in den so genannten Sanktionen diverser Staaten gegen Österreich gipfelten.

Wegen unüberbrückbarer Konflikte zwischen dem in der Regierung vertretenen liberaleren Flügel und den Anhängern Jörg Haiders, der kein Regierungsamt inne hatte, traten in dem Herbst 2002 drei der FPÖ angehörende Regierungsmitglieder zurück, was schließlich zu vorgezogenen Neuwahlen führte (siehe auch Knittelfelder).

Bei den Nationalratswahlen in dem November 2002 sank die FPÖ mit 10 Prozent Stimmenanteil von 42 auf 18 Nationalratsmandate und blieb als drittstärkste Partei ca. knapp vor den Grünen. Gewinner dieser Wahl war der große Koalitionspartner ÖVP, der nunmehr 42,3 Prozent der Wählerstimmen auf sich vereinen konnte. Nach den Wahlen wurden lange Koalitionsverhandlungen geführt, nach denen die FPÖ unter der Führung von Herbert Haupt wieder eine Koalition mit der ÖVP einging. Die FPÖ musste durch ihre geschwächte Position sowohl in personeller, als auch in sachlicher Hinsicht Zugeständnisse machen.

Besonders in dem Laufe der zweiten Legislaturperiode wurde der FPÖ häufig vorgeworfen, Â»umzufallen«, also von ihren ursprünglich vertretenen Absichten unter Druck der ÖVP abzuweichen. Innerhalb der Partei kam es vor allem nach (bis auf die Landtagswahlen in Kärnten) desaströsen Wahlergebnissen zu einem Richtungsstreit, der in der schnellen Abfolge verschiedener Personen in verschiedenen Ämtern mündete. Ende Oktober 2003 musste Herbert Haupt als Vizekanzler abtreten und wurde durch Hubert Gorbach ersetzt (Haupt blieb aber Sozialminister und nomineller Parteichef).

Bei den Wahlen zu dem Europaparlament 2004 musste die FPÖ die bis dahin schlimmsten Verluste in der Zweiten Republik bei bundesweiten Wahlen hinnehmen. Sie stürzte von 23,4 Prozent (1999) auf ca. mehr 6,3 Prozent ab. Damit stellt sie ca. noch einen einzigen Mandatar, Andreas Mölzer, der in einem Vorzugsstimmenwahlkampf den Spitzenkandidaten Hans Kronberger verdrängt hat. Eine beim Verfassungsgerichtshof eingebrachte Klage von Hans Kronberger, der den Parlamentssitz anstelle von Andreas Mölzer übernehmen wollte, wurde aus formalen Gründen abgelehnt. Mölzer gilt als Ideologe des rechten (deutschnationalen) Flügels der Partei. Nach der EU-Wahl musste Herbert Haupt auch als Parteichef abtreten. Auf einem Sonderparteitag am 3. Juli 2004 wurde Ursula Haubner mit 79 % zur neuen FP-Obfrau gewählt. Sie erhielt damit die kleinste Zustimmung aller FP-Obleute seit der Kampfkandidatur ihres Bruders Jörg Haider gegen Norbert Steger 1986.

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